Vozeći se busom jedne noći Sakurakouji Sakura ugleda kroz prozor grupu ljudi kako gore u plavom plamenu i jednu osobu kako sve to mirno posmatra, ona iste noći odlazi na mesto zločina ali ne pronalazi nikakav trag da se je tako nesto uopšte desilo. Sutra nakon što stigne u školu otkriva da ima novog učenika u razredu Ogami Rei-a koji izgleda isto kao osoba koju je videla noć pre. Ogami je u stvari Code Breaker br.6 clan vladine organizacije koja zvanično ne postoji a njihov cilj je da bez milosti kažnjavaju svakoga ko zbog svojih veza ili uticaja ne može da odgovara za svoje zločine zakonskim putem.