Ljudi beže sa Zemlje nakon invazije vanzemaljske rase znane kao Guana koja uspeva da uništi ceo solarni sistem. Sledećih 1000 godina lutaju svemirom u ogromnim svemirskim brodovima dok ih vanzemaljci uporno gone. Kako se nova kultura razvija, ljudi se bore protiv Guana koristeći Morito (Čuvar) mecha robote. Mladić po imenu Nagate Tanikaze je pilot Moritoa na svemirskom brodu Sidonia, brani svoj brod i ljude na njemu od vanzemaljaca ali Nagate nije samo običan mladić i od njega se mnogo očekuje.